Como buena parte de las construcciones de la comarca de Sahagún, la ermita del Santo Cristo de Villamarco está construida en ladrillo. Se trata de un pequeño espacio cuadrangular, dividido en dos tramos al disponerse una nave y el altar, espacio al que se accede por un arco de medio punto. Dicha dualidad espacial también se refleja en altura. En el interior de la ermita se venera la imagen del Santo Cristo del Amparo, también llamado Cristo del Santo Malvar. La fachada es muy sencilla, integrándose en ella la espadaña que cobija la campana.
